Die Deutsche Islamkonferenz wurde von vielen Seiten kritisch betrachtet. Nicht selten stand sie unter dem Verdacht, den Muslimen eine Sonderbehandlung zukommen zu lassen. Dabei ging es wesentlich um Dialog und Kooperation. Auch nach zehn Jahren wird immer wieder eine Neuausrichtung der Islamkonferenz gefordert. Dabei hat diese Plattform bereits viel geleistet für die Teilhabe der Muslime an Wohlfahrtspflege und Anstaltsseelsorge in Deutschland.