Eine zu große Nähe zum politischen Islam wirft die Ethnologin Susanne Schröter den Kirchen in Deutschland vor. Angesichts des eigenen Bedeutungsverlustes betrachte man die muslimischen Organisationen als Partner, „um einen religiösen Block zu stärken“, beklagte sie im „Deutschlandfunk“. Nach dem Motto „Hauptsache religiös“ seien den Kirchen die Islamverbände immer noch lieber als säkular orientierte Menschen, vermutet die Leiterin des Forschungszentrums Globaler Islam an der Universität Frankfurt.
In dem Interview unterstellte sie den Kirchen vor allem ein „strategisches“ Interesse, Eigennutz also. Sie hätten schließlich Strukturen aufgebaut, die sie nun erhalten wollten. Es gebe in den Kirchen Islambeauftragte auf allen Ebenen. „Diese Islambeauftragten werden aber alle arbeitslos, wenn man nicht mehr mit den großen Verbänden zusammenarbeitet.“
In ihrem Buch „Politischer Islam – Stresstest für Deutschland“ hat die Wissenschaftlerin auch die Bundesregierung hart kritisiert. Sie hofiere die Moscheeverbände, obwohl diese für einen konservativen bis traditionalistischen Islam stünden. Dieser jedoch sei mit der liberalen Demokratie, den Menschenrechten und der Gleichberechtigung der Geschlechter nicht vereinbar.
In dem Interview beklagt Susanne Schröter, dass sie für ihre Warnungen von den muslimischen Verbänden kritisiert werde. Es werde gesagt, „ich dürfe gar nicht über den Islam oder Muslime schreiben und sprechen, weil ich keine Muslimin bin“.
Unterdessen haben sich mehrere kritische muslimische Gelehrte gegen einen von der Europäischen Union finanzierten „Islamophobie-Report“ gewandt, der von einer türkischen Stiftung herausgegeben wird, die eng mit der Regierungspartei AKP Erdogans verbunden ist. In diesem Report werden nicht nur antimuslimische Übergriffe aufgelistet, sondern auch angeblich islamfeindliche Wissenschaftler und Journalisten angeprangert, unter anderem bedeutende reformorientierte Muslime. In einem Offenen Brief an die EU-Kommissionspräsidentin Ursula von der Leyen protestieren diese dagegen, dass in dem Bericht „undifferenziert viele Persönlichkeiten und Institutionen aus ganz Europa als ‚islamophob‘“ etikettiert und als Vertreter und Beförderer eines sogenannten antimuslimischen Rassismus in „eine Reihe mit Rechtsradikalen, Rassisten und deren Netzwerken gestellt“ werden. Zu den Unterzeichnern, die sich energisch gegen solche „Islamophobie“-Unterstellungen, Verdächtigungen, ja Denunziationen wehren, gehören unter anderen der muslimische Psychologe Ahmad Mansour sowie der Münsteraner islamische Reformtheologe Mouhanad Khorchide.