Ein Brief der vatikanischen Evangelisierungskommission hat viele Katholiken in Japan verärgert. In dem Schreiben kündigt Kardinal Fernando Filoni, der Präfekt der Behörde, an, dass im Erzbistum Tokio ein Priesterseminar des Neokatechumenalen Weges für ganz Asien eröffnet werden soll. Der Bischof der Hauptstadt, der Steyler Missionar Tarcisio Isao Kikuchi, gab bekannt, dass er weder genaue Kenntnis davon habe, wo dieses Seminar seinen Platz haben soll, noch darüber, wann es seine Arbeit aufnehmen wird. Hinzu kommt, dass in Tokio bereits ein diözesanes Priesterseminar beheimatet ist und ein neokatechumenales Seminar im Bistum Takarmatsu 2009 wegen Streit schließen musste. Allerdings sei die bevorstehende Gründung vom Papst genehmigt und entspreche dessen Wunsch, die neuen geistlichen Bewegungen in die Evangelisierung Asiens einzubinden.
Die Tätigkeit der Neokatechumenalen hat in der Vergangenheit verschiedentlich heftige Kritik in den Ortskirchen ausgelöst, weil die Mitglieder des Neokatechumenats zum Beispiel Parallelstrukturen in den Pfarreien organisierten und ein sehr gruppenbezogenes Eigenleben führten. Zudem vertreten sie eine betont traditionelle Sicht von Kirche und Theologie. Der Vatikan hatte die Statuten der Bewegung 2008 in Teilen anerkannt. Papst Benedikt XVI. beanstandete aber 2012 einzelne liturgische Gepflogenheiten, die nicht in Einklang mit den Bestimmungen des Zweiten Vatikanischen Konzils stünden.