Die immer stärkere säkulare Prägung der Gesellschaft sorgt dafür, dass das kirchliche Eigenrecht und somit „die Räume für religiöse Autonomie“ stetig kleiner werden. Darauf hat der Göttinger Staatskirchenrechtler Hans Michael Heinig hingewiesen. „Weltliche Rechtsgüter bekommen in Konkurrenz zu religiösen Freiheitsinteressen größeres Gewicht“, so der Leiter des Kirchenrechtlichen Instituts der Evangelischen Kirche in Deutschland. Dies habe sich schon vor der Corona-Epidemie abgezeichnet.
Unter anderem zeigen sich die Grenzen der Religionsfreiheit darin, dass der Staat zur Seuchenbekämpfung den religiösen Gemeinschaften strikte Auflagen erteilen und diese durchsetzen kann. Zum Beispiel müssen „Präsenzgottesdienste“ ausfallen, wenn die Notlage es erfordert. Oder es kann angewiesen werden, dass Glaubensgemeinschaften auch bei den Gottesdienstzeiten die nächtliche Ausgangssperre zu beachten haben. Zum Schutz von Grundrechten Dritter und anderen Verfassungsgütern kann die Religionsfreiheit eingeschränkt werden, sogar massiv, so Heinig.