Mehrere brasilianische Bischöfe, deren Bistümer am Rio São Francisco liegen, haben die Politik aufgefordert, dem Fluss und seiner Umgebung eine zehnjährige Schonzeit zu gewähren. So sollen akut drohende Umweltschäden abgewendet werden. In dieser Zeit müssten unter anderem Abholzungen in der Region ausgesetzt werden, heißt es in einem Schreiben der Bischofskonferenz. Das Ökosystem des Flusses und der benachbarten riesigen Landstriche leide schwer unter massiver Trockenheit. Dem Fluss werde zu viel Wasser für die Landwirtschaft entnommen. Auch die Begradigung seines Bettes sowie mehrere zum Teil sehr große Stauseen sowie Wasserkraftwerke zur Stromerzeugung wirkten sich verhängnisvoll aus, zum Beispiel für die Uferbewaldung. Etliche Zuflüsse seien bereits ausgetrocknet. Dringend müssten Kläranlagen gebaut werden, weil der Großteil der Abwässer aus Haushalt und Industrie ungereinigt „entsorgt“ wird.
Der Fluss des heiligen Franziskus erstreckt sich über 3000 Kilometer durch die Bundesstaaten Minas Gerais, Bahia, Pernambuco, Alagoas und Sergipe. Die Regierung hatte schon vor Jahren den Bau von zwei Kanalsystemen beauftragt, durch die Flusswasser nach Norden und Nordosten abgeleitet werden soll, um die Versorgung im Süden des dürregeplagten Nordosten zu verbessern. Das Projekt soll in absehbarer Zeit fertiggestellt sein.